Aflatoksin M1 (AFM1), AFB1’in hidroksile metabolitidir. İlk kez, 1960’larda AFB1 ile kontamine olmuş yemleri tüketen hayvanların sütlerinde AFM1 bulunmuştur. AFM1 için, Gıda Bilimsel Komitesi aflatoksinin notoksik kanserojen olduğuna dair yeterli kanıt olduğu sonucuna varmıştır; kanserojen etkisinin aflatoksin B1’den yaklaşık 10 kat daha düşük olduğu tahmin edilmektedir.Avrupa Topluluğu, sıvı sütteki maksimum AFM1 seviyesinin 0,05 ppb’yi aşmaması gerektiğini belirtmektedir (Avrupa Komisyonu 2001).